Trong hai năm học thạc sĩ, kiến thức và kỹ năng chung và chuyên môn thu được sẽ được đào sâu hơn và đào tạo chuyên môn hẹp hơn sẽ diễn ra. Học thạc sĩ cho phép tiếp tục học chuyên ngành đã học trước đó và chuẩn bị phục vụ tại Sở chỉ huy tiểu đoàn bộ binh và lữ đoàn bộ binh, giữ chức vụ tiểu đoàn trưởng thời chiến hoặc các chức vụ tương đương. Học viên tốt nghiệp được cấp bằng thạc sĩ khoa học và công nghệ quân sự.
Kaitseväe Akadeemia bao gồm ba phần lớn - học phần cơ bản và định hướng và học phần chuyên ngành. Ngoài các môn học quân sự, giáo dục học thuật cơ bản và nâng cao cung cấp cho sinh viên một nền giáo dục học tập toàn diện và cập nhật, có tính đến các yêu cầu và nhiệm vụ đặt ra cho Lực lượng Quốc phòng và nhà nước. Ngoài các môn học bắt buộc, người nghe có cơ hội lựa chọn các môn tự chọn giữa một số khối môn học.
Mục đích của chuyên môn là chuyên sâu trong lĩnh vực để có được kiến thức và kỹ năng nghiệp vụ cần thiết ở cấp tiểu đoàn trưởng và sĩ quan tham mưu. Các sĩ quan trước đây chuyên về chuyên ngành bộ binh có trình độ chuyên môn của một tiểu đoàn bộ binh và sĩ quan tình báo lữ đoàn, một sĩ quan tác chiến và một tiểu đoàn trưởng tham mưu với bằng thạc sĩ.